Hos The Pirate Bay er man ikke synderligt begejstret, over den senere tids udvikling af BitTorrent protokollen, der er udviklet og vedligeholdes at BitTorrent Inc.
Problemet er, at nogle af de nye tiltag som BitTorrent Inc. har lavet med protokollen, ikke er open source, hvilket The Pirate Bay mener, giver BitTorrent Inc. for meget magt over protokollen.
Et andet problem med BitTorrent protokollen, ifølge The Pirate Bay, er at den misbruges alt for meget af spammere og antipiratorganisationer.
For at løse disse problemer, er The Pirate Bay gået i gang med at udvikle deres egen p2p protokol. Den nye protokol vil med alt sansynlighed, bruge .p2p som filtypenavn. Protokollen er kompatibel med BitTorrent, hvilket skulle gøre en evt. overgang nemmere.
Den nye protokol får allerede fuld opbakning fra Mininova, der er en af de mest populære BitTorrent sider i øjeblikket. Det forventes at første frigivelse af den nye protokol, vil finde sted i starten af det nye år.