I et interview med c|net siger Adam Meyers, som er Information Assurance Engineer hos SRA International, at fremtidens botnet vil blive krypterede for at skjule deres tilstedeværelse på den kompromitterede computer. Ved at kryptere den kommunikation, en kompromitteret computer sender til modtageren, vanskeliggøres mulighederne for, at botnettet bliver opdaget.
Netværksanalyse-programmer, som f.eks. Ethereal, der normalt bruges til at lede efter botnet trafik, kan ikke længere bruges, da de blot ser trafikken som almindelig krypteret trafik. Sådan en kryptering af trafikken vil forlænge den tid, det tager at opdage og fjerne et botnet, da man ikke længere kan lede efter de mønstre, som en inficeret computer udviser i den udgående trafik.
Meyers siger, at hvis dette kommer til at blive en realitet, vil antallet af botnets højst sandsynligt stige. Da ejerne af botnets oftest lejer de store mængder af ressourcer ud, som et botnet kan besidde, vil der være flere penge i det, hvis de bliver svære at finde og kører længere tid. Dette vil medføre en øget interesse i at lave botnets.
